Z těch je v současnosti nejdůležitější soustava chráněných území NATURA 2000, která zajišťuje ochranu celoevropsky nejcennějších druhů a přírodních stanovišť. Celkem byly v oblasti biosférické rezervace Dolní Morava vyhlášeny tři tzv. ptačí oblasti a 17 evropsky významných lokalit. Jsou jimi například:
Evropsky významná lokalita Niva Dyje
Niva Dyje je velmi cenným úsekem řeky Dyje s přirozeným charakterem toku, typickým výskytem četných meandrů a mrtvých ramen se zachovanými lužními lesy a loukami. V nivě se vykytují mnohé vzácné druhy živočichů, například kuňka ohnivá, drobná ryba hořavka ohnivá nebo netopýr vrápenec malý. Žijí zde i mnohé chráněné druhy hmyzu, třeba tesařík obrovský, páchník hnědý a lesák rumělkový.
Evropsky významná lokalita Soutok - Podluží
Soutok-Podluží je unikátní především lužními lesy, včetně posledních zbytků pralesovitých porostů. Lužní lesy tvrdého a měkkého luhu spolu se zaplavovanými loukami, suchými trávníky, panonskými dubohabřinami a vodními stanovišti stojatých i tekoucích vod jsou biotopem více než 200 rostlinných druhů zapsaných v Červeném seznamu ohrožených druhů, z toho 50 z nich je zvláště chráněných.
Ptačí oblast Soutok - Tvrdonicko
Ptačí oblast Soutok-Tvrdonicko je jednou z nejvýznamnějších ptačích oblastí v rámci celé ČR. Dosud zde bylo zjištěno 240 druhů ptáků, kteří zde hnízdí, zimují nebo mají tahovou zastávku. Lokalita Soutok je důležitým hnízdištěm dravců. Pravidelně jich zde sídlí deset druhů včetně orla královského, který tu má své jediné hnízdiště v ČR. Typickým ptačím druhem je čáp bílý – žije zde zhruba padesát párů, které hnízdí na odumírajících dubech.
Zdroj: Avedon